マニュアルに記載されていない内容及び、マニュアルと動作が異なる項目などを私の知っている限りまとめました。

念のため繰り返しますが、この内容はあくまで配布されているものに対する情報です。
管理人さんが修正されている場合もありますので、すべての貿易箱庭サイトがこのようになっているわけではありません。ご注意ください。

マップが破損する

森が255万本を超えるとマップが破損します。
防止するためには、200万本を超えた森は早めに伐採して植林しなおしましょう。
マップが破損してしまった場合は、まず管理人さんに修復を依頼してみましょう。
また、×印が表示されて地形が不明になっている部分を掘削することで荒地にすることができます。

植林が無料で出来る

ただし、手持ち資金100億未満では植林出来ません。

埋め立て時、周囲が必ず浅瀬になる

オリジナルの箱庭諸島では、陸と３Hex以上接している場合だけ周囲が浅瀬になりました。

ミサイルが命中すると鉱山レベルが下がる

怪獣退治のためにミサイルを打つときは、鉱山に当てないように注意しましょう。

資金繰りの収入が人口によって変わる

　　　　　　　　　１０万人未満　　　１０億
　　１０万人以上　２０万人未満　　　２０億
　　２０万人以上　３０万人未満　　　３０億
　この先も人口１０万人ごとに資金繰りの収入が１０億ずつ増えます。

鉱山係数がマニュアルとは異なる

　マニュアルにある鉱山係数
　　炭坑：１００　採石場：５０　鉄鋼山：１００　ウラン鉱山：１　銀山：５０
　実際の鉱山係数
　　炭坑：１００　採石場：５０　鉄鋼山：５０　ウラン鉱山：１　銀山：５０ｘレベル

工場生産量がマニュアルとは異なる

マニュアルには、銀を使うと１５億、鉄を使うと３０億と書いてありますが、実際は、銀で３０億、鉄で２０億になっています。

耐震強化が外れる

最大規模まで増築すると耐震強化が外れます。

工場の耐震強化がついたり外れたりする

工場を１回増設すると耐震つきの工場になり（４４０００人規模）もう１回増設すると耐震が外れて６００００万人規模になります。

不況　(災害)

マニュアルでは、都市が不況で破壊されるように書いてありますが、これは間違いです。
都市には影響ありません。

火災　(災害)

マニュアルでは、軍事工場が火災を起こするように書いてありますが、これは間違いです。
軍事工場は火災を起こしません。

海底基地の表示

JavaScriptモードの開発画面で、海底基地が表示されません。
通常モードの開発画面では正しく表示されます。
これは表示だけの問題で、ミサイルの発射は行えます。

最大保有量

砲弾と燃料の最大保有量がマニュアルと違っているようです。

　　砲弾　　１００００メガトン(マニュアル)　９９９９９メガトン(プログラムの設定)
　　燃料　１０００００万ガロン(マニュアル)　５００００万ガロン(プログラムの設定)

森林の伐採

伐採で手に入る木材の量ががマニュアルと違っています。
マニュアルでは１万本当たり木材６万トンになっていますが、５万トンしか生産されません。

怪獣派遣

消費物資のチェックが正しく行われていません。
物資が不足の状態で怪獣派遣をすると以後の物資保有量がおかしくなります。

誘致活動

誘致活動の時の酒の消費量がマニュアルと大きく異なっています。
マニュアルには、人口一万人につき５０ガロンとありますが、実際には２ガロンしか消費しません。

偽装防衛施設

偽装防衛施設が機能しません。ミサイルを防げません。

銀鉱山とウラン鉱山の鉱脈探査

通常モードで表示される確率が間違っています。
表示だけの問題で確率は銀鉱山、ウラン鉱山とも正しく計算されています。
Java Scriptモードでは正しく表示されています。

精製工場の生産量が多い

最低規模の精製工場でも人口が多いほど生産量が増えてしまいます。
生産量に対して、精製工場の規模のチェックが行われていないようです。

酒輸送の単位が間違って表示される

Java Scriptモード表示される酒輸送のコマンドの単位が「万バレル」となっています。
実際の輸送量は問題ありません。
通常モードでは「ガロン」と正しく表示されます。

不必要な入力済みコマンドが表示される

JavaScriptモードの開発画面でマップ上にマウスを重ねた時に、その地形に無関係な生産関係のコマンドが表示される場合があります。